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现在的问题更多。我不确定立法机关是否会无视我的请求。我本来信心十足，却发现是我高估了自己，心中不免有点失落。”事实并未让杰斐逊失望，授权法案在两院以高票通过，杰斐逊十分欣慰。这个方案最终并未实行。这一消息传开后，全国各地都有人出钱给予杰斐逊帮助。有人集会倡议，大一点的城市已经开始捐款。就像亨利·兰德尔所说，“那些曾受过这位前总统恩惠的人们，现在看来要回报他了”。杰斐逊拒绝了国库借款和赠予者的好意。他说：“无论在任何情况下，我都不会拿国库一分一毫。政府偶尔给予我补助，我已经很满意了。我乐意接受他人自愿给予我的帮助。我的付出是我收入的三倍。我要把我的一生都奉献给美国民众。”杰斐逊还说：“人们以这种崇高的方式，自告奋勇地帮助我这位年迈的退休公务员，使我不至于无家可归。这些钱没有一分是从纳税人身上榨取的，它们都是来自纯粹的善心，完全出于自愿。”
别人的慷慨只能让杰斐逊最后的时光过得较为安稳，除此之外没有任何帮助。杰斐逊离世后，他的财产依然笼罩在债务的阴影下，捐助也已停止，遗嘱执行人必须处理所有的遗留问题。田地以每亩三到十美元的低价出售。即使如此也无法偿还欠款。所幸的是遗嘱执行人偿还了剩余的欠款，没有一个债权人因为杰斐逊的离世而遭受损失。
人生的最后几年中，杰斐逊将自己的主要精力和财力都投入到了弗吉尼亚大学的创办上。作为该校的校长，他工作勤勉有成，但过程却曲折艰难。弗吉尼亚大学的办学初衷是一所非基督教大学，引来了很多不必要的麻烦，也让杰斐逊耗费了不少精力。在杰斐逊看来，大学不应该有任何特殊的宗教信仰。他一生坚持的宗教观念引发了很多争议。杰斐逊的竞争对手不断攻击他，而他的朋友一直坚持反驳这种指责。人们的争论让杰斐逊十分恼火，但他不想站出来辩驳并结束这场争论。谈到此事，杰斐逊的语气里透着不快。这是他个人的选择，并且他也表示不会援手建立宗教裁判所。杰斐逊的孙子说，家人对杰斐逊宗教观念的了解也不比其他人多多少。杰斐逊不可能成为坚定的基督教信徒，也没有谨慎地反驳他人。从收集到的各种证据来看，杰斐逊不是基督徒。当然，对于这些证据，仁者见仁智者见智。亨利·兰德尔认为杰斐逊是基督徒，但给出的证据也不过是关于杰斐逊相信上帝和超神力的一些言论。这些都不足以证明杰斐逊信仰基督教。杰斐逊会穿着整齐地去教堂，也会像一位布道者一样庄严地谈论上帝，但总是慎言笃行，除了尊敬地称基督为人类的导师之外，不发表任何对上帝的评价。杰斐逊在一封信中曾写道：“只有上帝希望每个人都信仰他的时候，我才是一个基督徒。我比任何信徒都崇尚上帝的教义，因为上帝拥有了所有人类的智慧，却别无所求。”杰斐逊将基督、苏格拉底和埃皮克题图做了比较后说，基督在三十三岁时离世，他的理性还没有发挥最大的作用，他对人类的劝诫也还没见效，也许再有三年，基督就能够建立一个拥有完美道德体系的社会。杰斐逊传播的教义零零碎碎、残缺不全，有些时常让人产生误解。杰斐逊认为基督是一位道德家，没有特殊的灵感，与神没有联系。正如莎士比亚不同于一般的戏剧家一样，基督也不是普通的说教者。他们的能力远高于一般人，且承担了自己应承担的责任。杰斐逊的追随者认为基督具有神性，他们中有人对杰斐逊的见解持反对态度，但却无力反驳。
在生命的最后几年里，杰斐逊专注于客观地记录自己经历的事情。也许杰斐逊是当时最伟大的书信作家。他精力充沛，一直自由地写作。在生命的最后时光里，杰斐逊又为自己找了一份繁重的工作————给每一位读者回信。杰斐逊时常走神或者犯错，自己的想法必须写下来才能记住。他曾说：“一厢情愿地出版自己的书信是一件危险的事，这样的人应该关进监狱。”杰斐逊认为自己1790年到退休前所有的信都被保留下来了。这些信就像是一个巨大的文库，后人可从信中了解准确的历史。与此同时，杰斐逊还尖锐地批判了约翰·马歇尔所著的《华盛顿传》，认为其内容太过片面。得知约翰·昆西·亚当斯将要编辑约翰·亚当斯的作品，杰斐逊忧心忡忡地说：“我们需要了解真相，因为历史一旦被扭曲就会变成根深蒂固，很难更正。”去世前不久，杰斐逊写信给詹姆斯·麦迪逊说：“你是我一生的支柱，在我人生的最后时刻请您来看看我。”杰斐逊甚至莫名其妙地产生了一种焦虑，为后世的史书中对联邦党人的赞誉超过共和党人而忧心不已。事实证明杰斐逊的焦虑不是没有道理。在广大读者面前，联邦党确实比共和党更具实力和优势。
岁月催人老，杰斐逊不再是那个大家熟悉的精力充沛的人了。他陷入了无助的恐惧之中，智力减退，身体衰弱，各种迹象表明他的精神也陷入了一种病态的不安之中。杰斐逊甚至猜想自己真正的状态要比别人看到的差得多。即或在逐渐丧失记忆的时候，杰斐逊依旧保持着清醒的意识。虽然在出版的书信中很少发现杰斐逊抱怨的只字片语，但却能感受到他的忧郁和愁苦。杰斐逊再也不能对工作吹毛求疵，不能因完成工作而欢欣鼓舞，但他在历史上的权威依然存在。退休后，杰斐逊依然透露出勇敢和友善。比起死亡的威胁，杰斐逊也许更害怕失去工作的能力。1826年初，杰斐逊的身体状况变得更糟。1826年5月中旬，杰斐逊彻底病倒了。春天的时候他还手不释卷地阅读《圣经》和希腊悲剧，但很快阅读也成了奢望。1826年的7月4日，杰斐逊知道自己将不久于人世，亲人们都围在他的身边。他多希望能够看到第二天的太阳啊！时间在慢慢流失，杰斐逊也愈来愈虚弱。朋友们不想让他失望，毕竟人在生命最后时刻的渴望是如此神圣。在弥留之际，杰斐逊的意识已经模糊，但他仍然坚持着这份渴望。生命就是这样，无论杰斐逊的求生欲望多么强烈，最终还是离开了这个世界。就在杰斐逊去世前大约一小时，约翰·亚当斯在佛罗里达州加斯登县昆西镇与世长辞。约翰·亚当斯在最后的时刻挣扎着说：“托马斯·杰斐逊还活着！”在历史上，这样的巧合绝无仅有。